Jurnal Berkala Arkeologi diterbitkan oleh Balai Arkeologi D I Yogyakarta dua kali setahun Bulan Mei dan November, dan dalam event ilmiah tertentu menerbitkan EDISI KHUSUS. Penerbitan jurnal ini bertujuan untuk menggalakan aktivitas penelitian arkeologi dan menampung hasil-hasil penelitian, gagasan konseptual, kajian dan aplikasi teori, sehingga dapat dinikmati oleh para ilmuwan dan masyarakat pada umumnya. Jurnal Berkala Arkeologi terbit pertama kali pada Tahun 1 Nomor 1, Maret 1980 hingga seterusnya menjadi terbitan rutin dua kali dalam satu tahun. Pada awalnya, Jurnal Berkala Arkeologi lebih ditekankan kepada tema-tema umum yang bertujuan mengenalkan arkeologi kepada publik Daerah Istimewa Yogyakarta, Jawa Tengah dan Jawa Timur. Saat yang sama, penekanan juga diberikan pada aspek konteks lokal untuk mengenalkan profil Balai Arkeologi Daerah Istimewa Yogyakarta kepada khalayak yang lebih luas. Pada perkembangannya, Jurnal Berkala Arkeologi memperluas lingkup Jurnal tidak hanya kajian arkeologi, namun juga kajian ilmu budaya lainnya di Indonesia. Sejak tahun 2015, Jurnal Berkala Arkeologi terakreditasi LIPI nomor 641/AU2/P2MI-LIPI/07/2015. Mulai tahun 2012, Jurnal Berkala Arkeologi telah mengelola jurnal elektronik.